Merupakan ruangan dimana kegiatan mulai dari penanganan, sortasi, penyiangan, pencucian, penyusunan, pembekuan hingga pengemasan dilakukan. Penataan ruangan pengolahan harus dibuat untuk mendukung proses produksi yang efisien, serta mampu mencegah terjadinya kontaminasi silang terhadap produk. Untuk mencegah kontaminasi yang berasal dari udara kotor, maka ruang pengolahan tidak boleh berhubungan langsung dengan udara luar.

Hal-hal yang perlu diperhatikan dalam mendesain ruang pengolahan untuk mencegah terjadinya kontaminasi silang antara lain:

• Alur proses pengolahan
  • Alur limbah padat dan cair (sistem drainase)
  • Alur pergerakan karyawan
  • Alur distribusi air
  • Program pencegahan masuknya pest ke ICS/UPI (pest control).

Ruang pengolahan berfungsi untuk melakukkan pengolahan seperti filleting, pembuangan kulit (skinning), perapihan (trimming),pencucian, sortasi, penimbangan, dan penyusunan produk dalam pan untuk selanjutnya dibekukan. Ukuran  ruang  pengolahan harus mencukupi untuk menjalankan fungsinya.

• Dari ruang penerimaan ke ruang pengolahan, bahan baku di transfer melalui akses berupa pintu berukuran 1 x 1 m, dengan posisi ketinggian sama dengan permukaan lantai (0 m).
  • pintu bahan baku terbuat dari bahan stainless steel dengan bukaan kearah keluar (swing) atau pintu geser dan harus rapat/kedap ketika ditutup;
  • Pintu dilengkapi dengan air curtain/plastic curtain untuk mencegah masuknya pest/serangga ketika pintu dalam keadaan terbuka/dioperasikan;
  • Untuk mentransfer bahan baku dari ruang penerimaan ke ruang pengolahan dapat menggunakan gravity conveyor.
• Lantai terbuat dari bahan yang kedap air (berlapis epoxy minimal 500 micron), serta mempunyai kontruksi kemiringan yang cukup ke arah drainase sehingga air dapat mengering dengan sendirinya;
• Drainase memadai untuk mengalirkan limbah cair dengan lancar dari area yang bersih ke area yang kurang bersih
  • Ukuran lebar drainase minimal 30 cm dengan kedalam minimal 30 cm;
  • Berpenutup berbahan stainless steel/plastik;
  • Lubang drainase  yang  megarah  keluar  dilengkapi  dengan screen stainless steel untuk mencegah masuknya pest.
• Dinding harus kedap air (seperti panel) sampai setinggi batas langit-langit sehingga mudah/dapat dibersihkan dan disanitasi. Pertemuan antara lantai dan dinding dibuat landai (tidak siku/round).
• Langit-langit dilengkapi dengan plafond yang kuat, halus, dapat dicuci, mudah dibersihkan, dan berwarna terang (seperti: panel/PVC atau bahan kedap air lainnya).
• Lampu penerangan mencukupi karyawan untuk melakukan aktifitas pengolahan. Lampu dilengkapi dengan penutup transparan yang aman (misalnya berbahan plastik).
• Keran air bersih tersedia berukuran 1 inch dengan tekanan air yang cukup. Keran air bersih harus tersedia di masing-masing area mulai dari tahap awal hingga tahap akhir.
• Ruang pengolahan dilengkapi dengan alat pendingin ruangan dan pengukur suhu (suhu ruang optimal 20°C).
• Dilengkapi dengan alat pencegah pest/serangga seperti insect killer lamp yang ditempatkan jauh dari alur proses produk.